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重庆市特殊疾病共53个病种，其中一类有恶性肿瘤、慢性肾衰竭血液净化治疗、血友病等14种，二类有冠心病、肝硬化、慢性阻塞性肺疾病等39种。
县内具有门诊特殊疾病诊断资格的医院有县人民医院、县中医医院、重庆三峡民康医院，其中重庆三峡民康医院承担精神类特殊疾病的诊断。参保人也可以在县外市内就近就地具有门诊特殊疾病诊断资格的医院办理。办理材料如下：
（一）申请人有效身份证件或医保电子凭证或社保卡；
（二）相关病史资料或检查材料（住院病史须加盖医院鲜章）；
（三）《重庆市基本医疗保障特殊疾病（两病）待遇资格申 报（鉴定）表》；
（四）委托他人办理的，还需提供被委托人的有效身份证件及委托书。
符合重庆市基本医疗保险规定的药品、医用耗材和医疗服务项目支付范围且属于《重庆市基本医疗保险门诊特殊疾病保障指南》治疗范围内的医疗费用纳入门诊特殊疾病待遇保障范围。参保人在市内特殊疾病定点医疗机构发生的政策范围内费用直接联网结算。异地联网直接结算的特殊疾病病种有高血压、糖尿病、恶性肿瘤门诊放化疗、尿毒症透析、器官移植术后抗排异治疗、慢性阻塞性肺疾病、类风湿关节炎、冠心病、病毒性肝炎、强直性脊柱炎等10种。未异地联网结算的病种，需由个人全额垫付后回我县就近就地的社区卫服务中心或乡镇卫生院进行手工结算。
